La ejecución automática de los scripts para generar los resultados se gestiona con el paquete {targets} [1].

Es requisito crear un archivo _targets.R en el directorio raíz que contenga las instrucciones a fin de ejecutar en orden todos los comandos y las dependencias.

Inicialmente se carga el mismo paquete {targets}, luego se activan las librerías seleccionadas y se leen todas las funciones personalizadas.

In [1]:

_targets.R

library(targets)
tar_option_set(packages = c("glue", "terra", "tidyverse"))
source("scripts_targets/funciones.R")

Luego se crea una lista que contiene todos los objetivos dados por las funciones.

In [2]:

_targets.R

list(
  tar_target(
    name = excel,
    command = archivo_excel(),
    format = "file"
  ),
  tar_target(
    name = manuscrito,
    command = archivo_quarto(),
    format = "file"
  ),
  tar_target(
    name = fecha_actual,
    command = fecha(archivo_i = excel)
  ),
  tar_target(
    name = recorte_tif,
    command = recorte(fecha_i = fecha_actual),
    format = "file"
  ),
  tar_target(
    name = datos_gis,
    command = reflectancia(
      fecha_i = fecha_actual, archivo_i = excel
    ),
    format = "file"
  ),
  tar_target(
    name = datos_lab,
    command = lab(excel),
    format = "file"
  ),
  tarchetypes::tar_quarto(
    name = render_manuscrito,
    path = "."
  )
)

1: Archivo Excel, con la fecha y sitios de muestreo.
2: Archivo Quarto con el contenido del manuscrito, archivo principal del proyecto.
3: Fecha del último muestreo.
4: Recorto el producto al área de interés.
5: Extraigo los valores de píxel.
6: Extraigo parámetros de laboratorio.
7: Renderizo manuscrito generando la versión web y en formato pdf.

La manera en la que se conectan las funciones mencionadas y las dependencias internas entre ellas puede visualizarse en el siguiente diagrama de flujo.

In [3]:

graph LR
  x2eb57580dd338e28(["excel"]) ==> x75ae8feee719d1e2(["datos_gis"])
  x27cf98eb0536b3cc(["fecha_actual"]) ==> x75ae8feee719d1e2(["datos_gis"])
  x0dc39fa9e42347ba>"reflectancia"] ==> x75ae8feee719d1e2(["datos_gis"])
  x2eb57580dd338e28(["excel"]) ==> x1a91c1978c7a143b(["datos_lab"])
  x38637a02f9b83fc8>"lab"] ==> x1a91c1978c7a143b(["datos_lab"])
  x29bd13377b9e6171>"archivo_excel"] ==> x2eb57580dd338e28(["excel"])
  x2eb57580dd338e28(["excel"]) ==> x27cf98eb0536b3cc(["fecha_actual"])
  xfabd587be49f2fed>"fecha"] ==> x27cf98eb0536b3cc(["fecha_actual"])
  xfabd587be49f2fed>"fecha"] ==> x38637a02f9b83fc8>"lab"]
  xc36834a08989fd92>"archivo_quarto"] ==> x0cceab94dc3cb992(["manuscrito"])
  xc856c5bfddbb40a5{{"bandas_s2"}} ==> xc5ec810879cc40ee>"recorte"]
  x9505d3eeeff3a790{{"puntos_muestreo"}} ==> xc5ec810879cc40ee>"recorte"]
  x27cf98eb0536b3cc(["fecha_actual"]) ==> x4b150ba8dbe4203d(["recorte_tif"])
  xc5ec810879cc40ee>"recorte"] ==> x4b150ba8dbe4203d(["recorte_tif"])
  x3d474db92cf09724>"mensaje"] ==> x0dc39fa9e42347ba>"reflectancia"]
  xfabd587be49f2fed>"fecha"] ==> x0dc39fa9e42347ba>"reflectancia"]
  xcac90a77a625823f(["render_manuscrito"])
  
  classDef default stroke:#FFFFFF,color:#FFFFFF,fill:#B86092;

Bibliografía

[1]

W. M. Landau, «The targets R package: a dynamic Make-like function-oriented pipeline toolkit for reproducibility and high-performance computing», Journal of Open Source Software, vol. 6, n.º 57, p. 2959, 2021, Disponible en: https://doi.org/10.21105/joss.02959

Ejecución automática

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Bibliografía